Rola mikroplastiku w rozprzestrzenianiu i utrzymywaniu się antybiotykooporności pod presją farmaceutyków i metali ciężkich w ekosystemie rzecznym - kierownik dr Nikoletta Makowska-Zawierucha

Konkurs do projektu w ramach dodatkowej puli miejsc do Szkoły Doktorskiej Nauk Przyrodniczych UAM w dyscyplinie: nauki biologiczne

Opis projektu 

Według Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) szybki wzrost i rozprzestrzenianie się antybiotykooporności osiąga skalę globalnego kryzysu. Systemy rzeczne mogą stanowić kluczowe szlaki transportu oraz źródła rozprzestrzeniania się bakterii opornych na antybiotyki (ARB) i genów oporności na antybiotyki (ARGs). W raporcie WHO z 2022 roku mikroplastiki (MPs) zostały wskazane jako zanieczyszczenie antropogeniczne stanowiące istotne zagrożenie dla środowiska i zdrowia człowieka, w tym potencjalnie przyczyniające się do rozprzestrzeniania patogenów opornych na antybiotyki.

Celem niniejszego projektu jest ocena wpływu MPs oraz współwystępujących zanieczyszczeń takich jak farmaceutyki i metale ciężkie na strukturę, liczebność i mobilność rezystomów w dużej europejskiej rzece, która obecnie doświadcza kryzysu ekologicznego wywołanego zmianami klimatu i zanieczyszczeniem środowiska. Projekt obejmie badania rodzaju i częstości występowania ARB, ARGs oraz genów integrazy (intI1, markera zanieczyszczeń antropogenicznych) w biofilmach tworzących się na MPs, a także w otaczającej wodzie i osadach dennych poddanych presji selekcyjnej wywieranej przez farmaceutyki i metale ciężkie w rzece Odrze – jednej z największych rzek Europy Środkowej.

Plazmidy zostaną wyizolowane z próbek i poddane sekwencjonowaniu w celu scharakteryzowania mobilnej części rezystomu oraz określenia liczebności i różnorodności ARGs oraz integronów przenoszonych za pośrednictwem mobilnych elementów genetycznych (MGE). Próbki będą pobierane wzdłuż gradientu oddziaływań antropogenicznych, od górnego biegu rzeki, przez jej środkowy odcinek, aż po dolny bieg oraz ujście Odry do Morza Bałtyckiego. Badania terenowe zostaną uzupełnione kontrolowanymi laboratoryjnymi symulacjami warunków rzecznych, aby umożliwić lepsze rozpoznanie interakcji pomiędzy MPs, zanieczyszczeniami i opornością mikroorganizmów.

Aby uchwycić pełną złożoność procesów rozprzestrzeniania się oporności, projekt wykorzystuje nowatorskie podejście łączące klasyczne metody hodowlane, sekwencjonowanie metagenomiczne, analizę plazmidomu oraz analizy chemiczne i fizykochemiczne. Takie zintegrowane podejście umożliwia kompleksową ocenę zarówno fenotypowej oporności na antybiotyki, jak i pełnego rezystomu genetycznego, w tym MGE, które kształtują dynamikę rezystomu i odgrywają kluczową rolę w ewolucji bakterii. Badania tego typu mogą pomóc w wyznaczaniu priorytetów dla synergicznych działań odpowiadających na zagrożenia dla środowiska i zdrowia człowieka oraz przyczynić się do identyfikacji sposobów ograniczania rozprzestrzeniania się oporności na antybiotyki.

WYMAGANE UMIEJĘTNOŚCI KANDYDATA:
- tytuł magistra w dziedzinie biologii molekularnej, bioinformatyki, biotechnologii lub pokrewnej,

- wiedza z zakresu mikrobiologii i metagenomiki,

- praktyczne doświadczenie w prowadzeniu hodowli bakteryjnych oraz identyfikacji bakterii,

- praktyczne doświadczenie w izolacji plazmidowego i genomowego DNA oraz stosowaniu technik biologii molekularnej, w tym PCR, qPCR, dPCR, klonowania i sekwencjonowania,

- doświadczenie w analizie danych bioinformatycznych i statystycznych, w szczególności danych uzyskiwanych metodami sekwencjonowania nowej generacji (NGS), potwierdzone kursami lub publikacjami,

- biegła znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie,

- bardzo dobre umiejętności organizacyjne.

Kierownik projektu: dr hab. Nikoletta Makowska-Zawierucha  NCN 2025/57/B/NZ8/01413 

Komisja Rekrutacyjna  

Harmonogram rekrutacji:

Opłata rekrutacyjna

Opłata rekrutacyjna do szkoły doktorskiej wynosi 300 zł.

Język postępowania kwalifikacyjnego, w tym rozmowy kwalifikacyjnej

Język polski lub języku angielskim. 

Wymagane dokumenty  

  Osoby, które uzyskały niezbędne wykształcenie poza terenem Rzeczypospolitej Polskiej, składają dodatkowo:   

1)   skan dokumentu poświadczającego wykształcenie – dyplom z suplementem studiów pierwszego i drugiego stopnia (Bachelor degree, MSc, MA) 
       w języku oryginalnym, a w przypadku, gdy nie jest to język angielski, także odpis dyplomu w języku angielskim lub języku  polskim albo tłumaczenie 
       przysięgłe dyplomu na język angielski lub na język polski;  

2)   skan dyplomu ukończenia studiów lub certyfikatu potwierdzającego znajomość nowożytnego języka obcego na poziomie co najmniej B2;

3)   skan paszportu w przypadku cudzoziemców.

Kryteria oceny

W postępowaniu rekrutacyjnym uwzględnia się:   

                    1)  ocenę z dyplomu studiów drugiego stopnia albo jednolitych studiów magisterskich (nie więcej niż 3 pkt.); osoba kandydująca otrzymuje:

       a) 3 pkt. za ocenę co najmniej „bardzo dobry” lub równoważną; 

       b) 2 pkt. za ocenę „dobry plus” lub równoważną;

       c) 1 pkt za ocenę „dobry” lub równoważną;

      d) 3 pkt. w przypadku osób, które ubiegają się o przyjęcie na podstawie najwyższej jakości osiągnięć naukowych (np. kierowanie projektem w ramach programu „Perły Nauki”); w przypadku braku oceny z dyplomu uwzględnia się średnią ocen ze studiów; 

2)  ocenę maksimum trzech udokumentowanych osiągnięć naukowych, zgodnych ze szczegółowymi kryteriami osiągnięć osoby kandydującej,

     załączonych podczas elektronicznej rejestracji w systemie IRK; nie więcej niż 22 pkt.; 

3)  inną udokumentowaną działalność, na podstawie wskazanych maksimum trzech osiągnięć zgodnych ze szczegółowymi kryteriami osiągnięć

     osoby kandydującej dla danej dyscypliny; nie więcej niż 5 pkt.; 

4)  ocenę przygotowanego na potrzeby rekrutacji projektu badawczego, a w przypadku rekrutacji w związku z realizacją projektu badawczego – autorskiej koncepcji realizacji projektu grantowego (nie więcej niż 20 pkt.) ze szczególnym uwzględnieniem:

       a)  umiejętności sformułowania celu badań oraz przedstawienia problemu badawczego;

       b)  oryginalności pomysłu badawczego oraz umiejętności doboru sposobu rozwiązania problemu badawczego;

       c)  metodologii właściwej dla wskazanej dyscypliny;

       d)  znajomości stanu badań wraz z podstawową bibliografią;

       e)  znaczenia projektu dla rozwoju wskazanej dyscypliny;

       f)   analizy ryzyka zadań badawczych; 

5)  wynik rozmowy kwalifikacyjnej, przy czym zakres rozmowy kwalifikacyjnej obejmuje:

       a)  wiedzę oraz kompetencje właściwe dla wskazanej dyscypliny;

    b) elementy metodologii badań właściwe dla wskazanej dyscypliny; za rozmowę kwalifikacyjną można otrzymać nie więcej niż 50 pkt.; maksymalny czas trwania rozmowy kwalifikacyjnej może wynieść 30 minut.  

       Szczegółowe kryteria oceny osiągnięć kandydata 

Warunki przyjęcia do szkoły doktorskiej

Maksymalna liczba punktów to 100 punktów. Warunkiem przyjęcia do szkoły doktorskiej jest znalezienie się na liście rankingowej, w obrębie limitu miejsc dla danej dyscypliny naukowej i uzyskania minimum 60 punktów z całości postępowania kwalifikacyjnego, w tym nie mniej niż 30 punktów z rozmowy kwalifikacyjnej. 

Program kształcenia

Kształcenie w szkole doktorskiej trwa 8 semestrów. Kształcenie  prowadzone jest na podstawie programu kształcenia oraz indywidualnego planu badawczego i kończy się złożeniem rozprawy doktorskiej. Program kształcenia  w szkole doktorskiej obejmuje katalog modułów zajęć obowiązkowych, obowiązkowych do wyboru i fakultatywnych.

Rozpoczęcie kształcenia: 1 października 2026 roku. 

Promotorzy

Doktorant przygotowuje rozprawę doktorską pod kierunkiem promotora lub promotorów albo promotora i promotora pomocniczego, którzy będą wyznaczeni w terminie 3 miesięcy od rozpoczęcia kształcenia w szkole doktorskiej.

Stypendia

Wysokość stypendium 5000 pln,- zł (brutto-brutto), po ocenie śródokresowej wynosi 6500 pln (brutto-brutto) .

Zasady rekrutacji do szkół doktorskich Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu w roku akademickim 2026/2027  zgodnie z Uchwałą nr 132/2025/2026  Senatu UAM z dnia 26 stycznia 2026 r.