Aktywowane retrotranspozony jako podłoże choroby neurodegeneracyjnej ALS skorelowanej z mutacjami w genie FUS - kierownik projektu prof. UAM Katarzyna Dorota Raczyńska

Konkurs do projektu w ramach dodatkowej puli miejsc do Szkoły Doktorskiej Nauk Przyrodniczych UAM w dyscyplinie: nauki biologiczne

Opis projektu 

Celem projektu jest wyjaśnienie, czy zwiększony poziom retrotranspozonu LINE-1 jest czynnikiem wywołującym neurodegenerację w stwardnieniu zanikowym bocznym (ALS, ang. Amyotrophic Lateral Sclerosis), związanym z mutacją w genie białka FUS (zwaną dalej ALS-FUS).

Retrotranspozony to rozproszone powtórzenia o wysokiej liczbie kopii, które zachowały zdolność do transpozycji, czyli przemieszczania się w obrębie genomu i powodowania mutacje (insercje); są też źródłem uszkodzeń DNA pojawiających się w neurodegeneracji i mogą aktywować stan neurozapalenia. Ich aktywność jest wydajnie blokowana w komórkach, między innymi przez wyciszanie oparte na cząsteczkach piRNA z udziałem białek PIWI. Zaburzenia związane z podwyższonym poziomem retrotranspozonów zaobserwowano już wcześniej w modelowych liniach neuroblastomy z całkowitym wyciszeniem białka FUS i w komórkach z wprowadzą mutacją punktową ALS-FUS.

W niniejszym projekcie jako model badawczy zostaną wykorzystane indukowane pluripotentne komórki macierzyste (iPSCs, ang. induced pluripotent stem cells) odróżnicowane z fibroblastów pochodzących od pacjenta z ALS z mutacją FUS P525L i ich izogeniczną kontrolę, różnicowane dalej do: komórek progenitorowych neuronów, neuronów ruchowych i astrocytów. Hipotezy badawcze projektu zakładają, że: 1) mutacje ALS-FUS aktywują ekspresję i retrotranspozycję retrotranspozonu LINE-1; 2) jest to wynikiem obniżonej ekspresji białka PIWIL1, co prowadzi do zaburzonej biogenezy i aktywności cząsteczek piRNA; 3) nadmiernie eksprymowane retrotranspozony stymulują receptory odporności wrodzonej co prowadzi do neurozapalenia w ALS-FUS. Zadania badawcze obejmują: i) różnicowanie komórek iPSC do pozostałych typów komórek neuronowych; ii) analizę transkryptomiczną i proteomiczą wszystkich typów komórek; iii) badanie poziomu ekspresji PIWIL1, cząsteczek piRNA oraz transpozonu LINE-1 w komórkach; iv) badanie wpływu mutacji ALS-FUS na retrotranspozycję LINE-1.

Realizacja projektu pozwoli opisać wpływ aktywacji retrotranspozonu LINE-1 w sposób zależny od FUS i ocenić znaczenie tego procesu w chorobie neurodegeneracyjnej ALS. Efektem wymiernym będzie prezentacja wyników na konferencjach naukowych, publikacja naukowa w czasopiśmie z listy filadelfijskiej i dysertacja naukowa.

WYMAGANE UMIEJĘTNOŚCI KANDYDATA:

Poszukujemy kandydata wśród studentów, którzy ukończyli biologię, biotechnologię lub bioinformatyki, uzyskując tytuł magistra nauk przyrodniczych. Pod uwagę będą brani zarówno kandydaci polscy, jak i cudzoziemcy. Poszukujemy wysoce zmotywowanego i pracowitego studenta z podstawową wiedzą z zakresu biologii molekularnej i genetyki. Kandydat powinien być zaznajomiony z izolacją RNA, RT-qPCR, ekstrakcją białek i techniką Western blot. Powinien być zaznajomiony z pracą na ludzkich liniach komórkowych i podejściach stosowanych przy transfekcji komórek. Doktorant będzie miał dostęp do całej wymaganej infrastruktury i zostanie przeszkolony w zakresie korzystania z potrzebnego sprzętu w razie potrzeby. 

Kierownik projektu:  prof. UAM dr hab. Katarzyna Dorota Raczyńska -  NCN 2023/49/B/NZ5/01976

Komisja Rekrutacyjna  

Harmonogram rekrutacji:

Opłata rekrutacyjna

Opłata rekrutacyjna do szkoły doktorskiej wynosi 300 zł.

Forma postępowania kwalifikacyjnego: jednoetapowa

Język postępowania kwalifikacyjnego, w tym rozmowy kwalifikacyjnej

Język polski lub język angielski

Wymagane dokumenty  

Osoba ubiegająca się o przyjęcie do Szkoły Doktorskiej rejestruje się w systemie IRK (Internetowa Rejestracja Kandydata) i składa dokumenty w formie elektronicznej.

Kandydat zobowiązany jest do:  

1) wypełnienia formularza rejestracyjnego i załączenia zdjęcia w wersji elektronicznej o wymiarach 20 mm x 25 mm w rozdzielczości co najmniej 300 dpi; 

2) określenia dyscypliny naukowej, w ramach której kandydat będzie przygotować rozprawę doktorską w szkoły doktorskiej; 

3) wyrażenia zgody na przetwarzanie danych osobowych na potrzeby rekrutacji; 

4) załączenia CV; 

5) załączenia listu motywacyjnego wraz ze wskazaniem dyscypliny naukowej, w której kandydat chciałby uzyskać stopień naukowy doktora; 

6) załączenia skanu odpisu dyplomu ukończenia studiów wyższych wraz z suplementem do dyplomu, potwierdzającego uzyskanie kwalifikacji na poziomie 7. Polskiej Ramy Kwalifikacji, a w przypadku absolwentów z roku akademickiego 2024/2025, którym nie został wydany jeszcze dyplom, zaświadczenia o uzyskaniu kwalifikacji na poziomie 7. Polskiej Ramy Kwalifikacji wraz z informacją na temat przebiegu studiów, z zastrzeżeniem ust. 3; 

7) załączenia oświadczenia o udokumentowanych osiągnięciach oraz dokumentów potwierdzających te osiągnięcia (w przypadku dokumentów w języku innym niż polski i angielski należy dołączyć tłumaczenie); należy wskazać osiągnięcia podlegające ocenie:

      a) w liczbie do 3 – w przypadku osiągnięć naukowych;

      b) w liczbie do 3 – w przypadku innych osiągnięć - zgodnych z kryteriami, o których mowa w § 11. 

8) załączenia propozycji autorskiego projektu badawczego, a w przypadku rekrutacji w związku z realizacją projektu badawczego – autorskiej koncepcji realizacji projektu grantowego, wraz z bibliografią (do 8 stron standardowego maszynopisu, maks. 15 000 znaków ze spacjami);

 9) załączenia podania o przyjęcie do szkoły doktorskiej, pobranego z systemu IRK;   

10) wniesienia opłaty rekrutacyjnej.    

 

  Osoby, które uzyskały niezbędne wykształcenie poza terenem Rzeczypospolitej Polskiej, składają dodatkowo: 

       1) skan dokumentu poświadczającego wykształcenie – dyplom z suplementem studiów pierwszego stopnia (Bachelor degree) i dyplom z  suplementem studiów drugiego stopnia (MSc, MA) w języku oryginalnym i w poświadczonym tłumaczeniu na język angielski lub na język polski; 
       2) skan paszportu w przypadku cudzoziemców. 

Kryteria oceny

W postępowaniu rekrutacyjnym uwzględnia się:  

1) co najmniej bardzo dobrą lub równoważną ocenę z dyplomu studiów drugiego stopnia albo jednolitych magisterskich (5 pkt.); w przypadku kandydatów, którzy ubiegają się o przyjęcie na podstawie najwyższej jakości osiągnięć naukowych (np. przyznanie grantu w ramach konkursu „Perły Nauki”) kandydatowi przyznaje się 5 pkt.; 

2) ocenę maksimum trzech udokumentowanych osiągnięć naukowych kandydata, zgodnych ze szczegółowymi kryteriami osiągnięć kandydata, załączonych podczas elektronicznej rejestracji w systemie IRK; nie więcej niż 20 pkt.; 

3) inną udokumentowaną działalność kandydata, na podstawie wskazanych przez kandydata maksimum trzech osiągnięć zgodnych ze szczegółowymi kryteriami osiągnięć kandydata dla danej dyscypliny; nie więcej niż 5 pkt.; 

4) wynik rozmowy kwalifikacyjnej, przy czym zakres rozmowy kwalifikacyjnej obejmuje:

a) wiedzę oraz kompetencje kandydata istotne dla planowanych badań, w tym również właściwe dla wskazanej dyscypliny naukowej,

b) elementy metodologii badań właściwe dla wskazanej dyscypliny; za rozmowę kwalifikacyjną można otrzymać nie więcej niż 50 pkt.; maksymalny czas trwania rozmowy kwalifikacyjnej może wynieść 30 minut. 

5) ocenę przygotowanego na potrzeby rekrutacji projektu badawczego, a w przypadku rekrutacji w związku z realizacją projektu badawczego – autorskiej koncepcji realizacji projektu grantowego,(nie więcej niż 20 pkt.) ze szczególnym uwzględnieniem: 

a) umiejętności sformułowania celu badań oraz przedstawienia problemu badawczego;

b) oryginalności pomysłu badawczego oraz umiejętności doboru sposobu rozwiązania problemu badawczego; 

c) metodologii właściwej dla wskazanej dyscypliny; 

d) znajomości stanu badań wraz z podstawową bibliografią;

e) znaczenia projektu dla rozwoju wskazanej dyscypliny.   

Warunki przyjęcia do szkoły doktorskiej  

Maksymalna liczba punktów to 100 punktów. Warunkiem przyjęcia do szkoły doktorskiej jest znalezienie się na liście rankingowej, w obrębie limitu miejsc dla danej dyscypliny naukowej i uzyskania minimum 60 punktów z całości postępowania kwalifikacyjnego.  

Program kształcenia

Kształcenie w szkole doktorskiej trwa 8 semestrów. Kształcenie prowadzone jest na podstawie ramowego planu kształcenia oraz indywidualnego planu badawczego i kończy się złożeniem rozprawy doktorskiej.

Ramowy plan kształcenia w szkole doktorskiej obejmuje katalog modułów zajęć obowiązkowych, obowiązkowych do wyboru i fakultatywnych wraz z:

1)    określeniem ich harmonogramu

2)    sposobem ich realizacji

3)    weryfikacją efektów uczenia się.

Rozpoczęcie kształcenia w dniu 1 listopada 2025 roku. 

Promotorzy

Doktorant pracuje pod kierunkiem promotora lub promotorów albo promotora i promotora pomocniczego, którzy będą wyznaczeni w terminie 3 miesięcy od rozpoczęcia kształcenia w szkole doktorskiej. 

Stypendia

Wysokość stypendium 5000 pln,- zł (brutto-brutto) 48 miesięcy. 

Zasady rekrutacji do szkół doktorskich Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu w roku akademickim 2025/2026 zgodnie z Uchwałą nr 46/2024/2025 Senatu UAM z dnia 27 stycznia 2025 r.