Odblokowanie niewykorzystanych możliwości metabolizmu bakteryjnego poprzez racjonalne projektowanie transporterów substratów - kierownik projektu dr hab. Jan Brezovsky

Konkurs do projektu w ramach dodatkowej puli miejsc do Szkoły Doktorskiej Nauk Przyrodniczych UAM w dyscyplinie: nauki biologiczne

Opis projektu 

Mikroorganizmy często wytwarzają więcej enzymów katabolicznych niż jest to konieczne do utrzymania homeostazy, co w warunkach biotechnologicznych stanowi marnotrawstwo. Wprowadzenie zoptymalizowanych transporterów cukrów, takich jak zmodyfikowany genetycznie Glf, może umożliwić wykorzystanie tej niewykorzystanej zdolności metabolicznej.

Głównym celem tego projektu jest wyjaśnienie molekularnych podstaw odpowiedzialnych za unikalne właściwości transportera cukru Glf o dużej pojemności i niskim powinowactwie, aby umożliwić jego racjonalną modyfikację pod kątem określonych substratów i podwyższonej temperatury. Opracowane transportery posłużą do badania niewykorzystanej zdolności metabolicznej wybranych gatunków bakterii.

Wyjaśnienie szczegółów molekularnych cyklu transportowego Glf i jego interakcji z różnymi substratami przy użyciu zaawansowanych symulacji dynamiki molekularnej dostarczy kluczowych danych do projektowania białek. Wgląd w dynamiczną interakcję między oddziaływaniami allosterycznymi w Glf odpowiedzialnymi za zmiany konformacyjne i rozpoznawanie substratów dostarczy informacji potrzebnych do opracowania nowych strategii inżynierii mających na celu optymalizację funkcjonalności transportera. Na koniec proponowane mutacje Glf zostaną poddane ocenie eksperymentalnej przez współpracujące laboratorium w Czechach. 

WYMAGANE UMIEJĘTNOŚCI KANDYDATA:

• Magister biofizyki/bioinformatyki/chemii obliczeniowej lub pokrewnej dziedziny
• Udokumentowane doświadczenie w symulacji dynamiki molekularnej
• Biegła znajomość systemu operacyjnego Linux
• Mile widziane doświadczenie w zakresie bioinformatyki strukturalnej białek, ulepszonych metod próbkowania i studia białek transbłonowych
• Bardzo dobra znajomość języka angielskiego. 

Kierownik projektu: dr hab. Jan Brezovsky - NCN  2024/55/I/NZ1/01878

Komisja Rekrutacyjna  

Harmonogram rekrutacji:

Opłata rekrutacyjna

Opłata rekrutacyjna do szkoły doktorskiej wynosi 300 zł.

Forma postępowania kwalifikacyjnego: jednoetapowa

Język postępowania kwalifikacyjnego, w tym rozmowy kwalifikacyjnej

Język polski lub język angielski

Wymagane dokumenty  

Osoba ubiegająca się o przyjęcie do Szkoły Doktorskiej rejestruje się w systemie IRK (Internetowa Rejestracja Kandydata) i składa dokumenty w formie elektronicznej.

Kandydat zobowiązany jest do:  

1) wypełnienia formularza rejestracyjnego i załączenia zdjęcia w wersji elektronicznej o wymiarach 20 mm x 25 mm w rozdzielczości co najmniej 300 dpi; 

2) określenia dyscypliny naukowej, w ramach której kandydat będzie przygotować rozprawę doktorską w szkoły doktorskiej; 

3) wyrażenia zgody na przetwarzanie danych osobowych na potrzeby rekrutacji; 

4) załączenia CV; 

5) załączenia listu motywacyjnego wraz ze wskazaniem dyscypliny naukowej, w której kandydat chciałby uzyskać stopień naukowy doktora; 

6) załączenia skanu odpisu dyplomu ukończenia studiów wyższych wraz z suplementem do dyplomu, potwierdzającego uzyskanie kwalifikacji na poziomie 7. Polskiej Ramy Kwalifikacji, a w przypadku absolwentów z roku akademickiego 2024/2025, którym nie został wydany jeszcze dyplom, zaświadczenia o uzyskaniu kwalifikacji na poziomie 7. Polskiej Ramy Kwalifikacji wraz z informacją na temat przebiegu studiów, z zastrzeżeniem ust. 3; 

7) załączenia oświadczenia o udokumentowanych osiągnięciach oraz dokumentów potwierdzających te osiągnięcia (w przypadku dokumentów w języku innym niż polski i angielski należy dołączyć tłumaczenie); należy wskazać osiągnięcia podlegające ocenie:

      a) w liczbie do 3 – w przypadku osiągnięć naukowych;

      b) w liczbie do 3 – w przypadku innych osiągnięć - zgodnych z kryteriami, o których mowa w § 11. 

8) załączenia propozycji autorskiego projektu badawczego, a w przypadku rekrutacji w związku z realizacją projektu badawczego – autorskiej koncepcji realizacji projektu grantowego, wraz z bibliografią (do 8 stron standardowego maszynopisu, maks. 15 000 znaków ze spacjami);

 9) załączenia podania o przyjęcie do szkoły doktorskiej, pobranego z systemu IRK;   

10) wniesienia opłaty rekrutacyjnej.    

 

  Osoby, które uzyskały niezbędne wykształcenie poza terenem Rzeczypospolitej Polskiej, składają dodatkowo: 

       1) skan dokumentu poświadczającego wykształcenie – dyplom z suplementem studiów pierwszego stopnia (Bachelor degree) i dyplom z  suplementem studiów drugiego stopnia (MSc, MA) w języku oryginalnym i w poświadczonym tłumaczeniu na język angielski lub na język polski; 
       2) skan paszportu w przypadku cudzoziemców. 

Kryteria oceny

W postępowaniu rekrutacyjnym uwzględnia się:  

1) co najmniej bardzo dobrą lub równoważną ocenę z dyplomu studiów drugiego stopnia albo jednolitych magisterskich (5 pkt.); w przypadku kandydatów, którzy ubiegają się o przyjęcie na podstawie najwyższej jakości osiągnięć naukowych (np. przyznanie grantu w ramach konkursu „Perły Nauki”) kandydatowi przyznaje się 5 pkt.; 

2) ocenę maksimum trzech udokumentowanych osiągnięć naukowych kandydata, zgodnych ze szczegółowymi kryteriami osiągnięć kandydata, załączonych podczas elektronicznej rejestracji w systemie IRK; nie więcej niż 20 pkt.; 

3) inną udokumentowaną działalność kandydata, na podstawie wskazanych przez kandydata maksimum trzech osiągnięć zgodnych ze szczegółowymi kryteriami osiągnięć kandydata dla danej dyscypliny; nie więcej niż 5 pkt.; 

4) wynik rozmowy kwalifikacyjnej, przy czym zakres rozmowy kwalifikacyjnej obejmuje:

a) wiedzę oraz kompetencje kandydata istotne dla planowanych badań, w tym również właściwe dla wskazanej dyscypliny naukowej,

b) elementy metodologii badań właściwe dla wskazanej dyscypliny; za rozmowę kwalifikacyjną można otrzymać nie więcej niż 50 pkt.; maksymalny czas trwania rozmowy kwalifikacyjnej może wynieść 30 minut. 

5) ocenę przygotowanego na potrzeby rekrutacji projektu badawczego, a w przypadku rekrutacji w związku z realizacją projektu badawczego – autorskiej koncepcji realizacji projektu grantowego,(nie więcej niż 20 pkt.) ze szczególnym uwzględnieniem: 

a) umiejętności sformułowania celu badań oraz przedstawienia problemu badawczego;

b) oryginalności pomysłu badawczego oraz umiejętności doboru sposobu rozwiązania problemu badawczego; 

c) metodologii właściwej dla wskazanej dyscypliny; 

d) znajomości stanu badań wraz z podstawową bibliografią;

e) znaczenia projektu dla rozwoju wskazanej dyscypliny.   

Warunki przyjęcia do szkoły doktorskiej  

Maksymalna liczba punktów to 100 punktów. Warunkiem przyjęcia do szkoły doktorskiej jest znalezienie się na liście rankingowej, w obrębie limitu miejsc dla danej dyscypliny naukowej i uzyskania minimum 60 punktów z całości postępowania kwalifikacyjnego.  

Program kształcenia

Kształcenie w szkole doktorskiej trwa 8 semestrów. Kształcenie prowadzone jest na podstawie ramowego planu kształcenia oraz indywidualnego planu badawczego i kończy się złożeniem rozprawy doktorskiej.

Ramowy plan kształcenia w szkole doktorskiej obejmuje katalog modułów zajęć obowiązkowych, obowiązkowych do wyboru i fakultatywnych wraz z:

1)    określeniem ich harmonogramu

2)    sposobem ich realizacji

3)    weryfikacją efektów uczenia się.

Rozpoczęcie kształcenia w dniu 1 listopada 2025 roku. 

Promotorzy

Doktorant pracuje pod kierunkiem promotora lub promotorów albo promotora i promotora pomocniczego, którzy będą wyznaczeni w terminie 3 miesięcy od rozpoczęcia kształcenia w szkole doktorskiej. 

Stypendia

Wysokość stypendium do oceny śródokresowej wynosi: 5000 pln,- zł (brutto-brutto), po ocenie śródokresowej wynosi 6500 pln (brutto-brutto) przez 12 miesięcy. 

Zasady rekrutacji do szkół doktorskich Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu w roku akademickim 2025/2026 zgodnie z Uchwałą nr 46/2024/2025 Senatu UAM z dnia 27 stycznia 2025 r.