Modyfikacje małych RNA - mechanizm i rola kierownik projektu- kierownik dr Jakub Dolata

Konkurs do projektu w ramach dodatkowej puli miejsc do Szkoły Doktorskiej Nauk Przyrodniczych UAM w dyscyplinie: nauki biologiczne

Opis projektu 

Opis projektu

Regulacja ekspresji genów jest skomplikowanym procesem, opartym na koordynacji wielu różnych szlaków, w tym epigenetycznej kontroli kondensacji chromatyny, transkrypcji, obróbce RNA (modyfikacja 5' końca mRNA, splicing, poliadenylacja), eksporcie dojrzałych transkryptów do cytoplazmy oraz syntezie białka. W ostatnich latach, wraz z rozwojem technik głębokiego sekwencjonowania, a w związku z tym wykryciem wielu nowych modyfikacji RNA, odkryto nowe ścieżki regulacji ekspresji informacji genetycznej. Do tej pory zidentyfikowano ponad 150 różnych typów modyfikacji RNA. Większość z nich, takie jak N6- metyloadenozyna (m6A) i pseudourydyna (Ψ), została pierwotnie wykryta w występujących na wysokim poziomie strukturalnych RNA: rRNA (rybosomalne RNA), tRNA (transferowe RNA) i snRNA (małe jądrowe RNA). Obecne metody dają możliwość identyfikacji nowych typów modyfikacji i ich dokładnej lokalizacji nie tylko w eksprymowanych na wysokim poziomie cząsteczkach RNA, ale także w mRNA i małych RNA (18-30 nt). Nasze dane potwierdzają występowanie pseudourydyny w małych RNA i ich prekursorach zarówno u roślin jak i w komórkach zwierzęcych. Również m6A jest obecna w prekursorach miRNA. Występowanie wielu innych modyfikacji nie zostało jednak potwierdzone w małych RNA. Nie jest również jasne jaka jest rola poszczególnych modyfikacji w małych RNA. Nasza hipoteza zakłada, że modyfikacje małych RNA są istotne dla ich transportu między kompartymentami komórkowymi lub nawet poza komórkę. Przypuszczamy również, że w zależności od modyfikacji miRNA mogą mieć inną ścieżkę działania. W celu potwierdzenia naszych założeń zamierzamy skorzystać zarówno z technik wysokoprzepustowego sekwencjonowania jak i nowoczesnych i precyzyjnych technik identyfikacji czynników zaangażowanych w modyfikację RNA. Efektem przeprowadzonych badań będzie znaczne poszerzenie wiedzy na temat powstawania i działania małych RNA u Arabidopsis jak również wątrobowców i roślin jednoliściennych.

WYMAGANE UMIEJĘTNOŚCI KANDYDATA:

Tytuł zawodowy magistra biologii, biotechnologii, bioinformatyki lub nauk pokrewnych 

Motywacja, dobra organizacja pracy, zaangażowanie, umiejętność pracy w zespole 

Bardzo dobra znajomość języka angielskiego w mowie i w piśmie 

Podstawowa znajomość technik biologii molekularnej, (dodatkową zaletą będzie znajomość technik mikroskopowych i/lub bioinformatycznej analizy danych).  

Kierownik projektu  dr Jakub Dolata -NCN  2024/54/E/NZ2/00231 

Rekrutacja

Komisja Rekrutacyjna  

Harmonogram rekrutacji:

Opłata rekrutacyjna

Opłata rekrutacyjna do szkoły doktorskiej wynosi 300 zł.

Forma postępowania kwalifikacyjnego: jednoetapowa

Język postępowania kwalifikacyjnego, w tym rozmowy kwalifikacyjnej

Język angielski 

Wymagane dokumenty  

Osoba ubiegająca się o przyjęcie do Szkoły Doktorskiej rejestruje się w systemie IRK (Internetowa Rejestracja Kandydata) i składa dokumenty w formie elektronicznej.

Kandydat zobowiązany jest do:  

1) wypełnienia formularza rejestracyjnego i załączenia zdjęcia w wersji elektronicznej o wymiarach 20 mm x 25 mm w rozdzielczości co najmniej 300 dpi; 

2) określenia dyscypliny naukowej, w ramach której kandydat będzie przygotować rozprawę doktorską w szkoły doktorskiej; 

3) wyrażenia zgody na przetwarzanie danych osobowych na potrzeby rekrutacji; 

4) załączenia CV; 

5) załączenia listu motywacyjnego wraz ze wskazaniem dyscypliny naukowej, w której kandydat chciałby uzyskać stopień naukowy doktora; 

6) załączenia skanu odpisu dyplomu ukończenia studiów wyższych wraz z suplementem do dyplomu, potwierdzającego uzyskanie kwalifikacji na poziomie 7. Polskiej Ramy Kwalifikacji, a w przypadku absolwentów z roku akademickiego 2024/2025, którym nie został wydany jeszcze dyplom, zaświadczenia o uzyskaniu kwalifikacji na poziomie 7. Polskiej Ramy Kwalifikacji wraz z informacją na temat przebiegu studiów, z zastrzeżeniem ust. 3; 

7) załączenia oświadczenia o udokumentowanych osiągnięciach oraz dokumentów potwierdzających te osiągnięcia (w przypadku dokumentów w języku innym niż polski i angielski należy dołączyć tłumaczenie); należy wskazać osiągnięcia podlegające ocenie:

      a) w liczbie do 3 – w przypadku osiągnięć naukowych;

      b) w liczbie do 3 – w przypadku innych osiągnięć - zgodnych z kryteriami, o których mowa w § 11. 

8) załączenia propozycji autorskiego projektu badawczego, a w przypadku rekrutacji w związku z realizacją projektu badawczego – autorskiej koncepcji realizacji projektu grantowego, wraz z bibliografią (do 8 stron standardowego maszynopisu, maks. 15 000 znaków ze spacjami);

 9) załączenia podania o przyjęcie do szkoły doktorskiej, pobranego z systemu IRK;   

10) wniesienia opłaty rekrutacyjnej.    

 

  Osoby, które uzyskały niezbędne wykształcenie poza terenem Rzeczypospolitej Polskiej, składają dodatkowo: 

       1) skan dokumentu poświadczającego wykształcenie – dyplom z suplementem studiów pierwszego stopnia (Bachelor degree) i dyplom z  suplementem studiów drugiego stopnia (MSc, MA) w języku oryginalnym i w poświadczonym tłumaczeniu na język angielski lub na język polski; 
       2) skan paszportu w przypadku cudzoziemców. 

Kryteria oceny

W postępowaniu rekrutacyjnym uwzględnia się:  

1) co najmniej bardzo dobrą lub równoważną ocenę z dyplomu studiów drugiego stopnia albo jednolitych magisterskich (5 pkt.); w przypadku kandydatów, którzy ubiegają się o przyjęcie na podstawie najwyższej jakości osiągnięć naukowych (np. przyznanie grantu w ramach konkursu „Perły Nauki”) kandydatowi przyznaje się 5 pkt.; 

2) ocenę maksimum trzech udokumentowanych osiągnięć naukowych kandydata, zgodnych ze szczegółowymi kryteriami osiągnięć kandydata, załączonych podczas elektronicznej rejestracji w systemie IRK; nie więcej niż 20 pkt.; 

3) inną udokumentowaną działalność kandydata, na podstawie wskazanych przez kandydata maksimum trzech osiągnięć zgodnych ze szczegółowymi kryteriami osiągnięć kandydata dla danej dyscypliny; nie więcej niż 5 pkt.; 

4) wynik rozmowy kwalifikacyjnej, przy czym zakres rozmowy kwalifikacyjnej obejmuje:

a) wiedzę oraz kompetencje kandydata istotne dla planowanych badań, w tym również właściwe dla wskazanej dyscypliny naukowej,

b) elementy metodologii badań właściwe dla wskazanej dyscypliny; za rozmowę kwalifikacyjną można otrzymać nie więcej niż 50 pkt.; maksymalny czas trwania rozmowy kwalifikacyjnej może wynieść 30 minut. 

5) ocenę przygotowanego na potrzeby rekrutacji projektu badawczego, a w przypadku rekrutacji w związku z realizacją projektu badawczego – autorskiej koncepcji realizacji projektu grantowego,(nie więcej niż 20 pkt.) ze szczególnym uwzględnieniem: 

a) umiejętności sformułowania celu badań oraz przedstawienia problemu badawczego;

b) oryginalności pomysłu badawczego oraz umiejętności doboru sposobu rozwiązania problemu badawczego; 

c) metodologii właściwej dla wskazanej dyscypliny; 

d) znajomości stanu badań wraz z podstawową bibliografią;

e) znaczenia projektu dla rozwoju wskazanej dyscypliny.   

Warunki przyjęcia do szkoły doktorskiej  

Maksymalna liczba punktów to 100 punktów. Warunkiem przyjęcia do szkoły doktorskiej jest znalezienie się na liście rankingowej, w obrębie limitu miejsc dla danej dyscypliny naukowej i uzyskania minimum 60 punktów z całości postępowania kwalifikacyjnego.  

Program kształcenia

Kształcenie w szkole doktorskiej trwa 8 semestrów. Kształcenie prowadzone jest na podstawie ramowego planu kształcenia oraz indywidualnego planu badawczego i kończy się złożeniem rozprawy doktorskiej.

Ramowy plan kształcenia w szkole doktorskiej obejmuje katalog modułów zajęć obowiązkowych, obowiązkowych do wyboru i fakultatywnych wraz z:

1)    określeniem ich harmonogramu

2)    sposobem ich realizacji

3)    weryfikacją efektów uczenia się.

Rozpoczęcie kształcenia w dniu 1 października 2025 roku. 

Promotorzy

Doktorant pracuje pod kierunkiem promotora lub promotorów albo promotora i promotora pomocniczego, którzy będą wyznaczeni w terminie 3 miesięcy od rozpoczęcia kształcenia w szkole doktorskiej. 

Stypendia

Wysokość stypendium do oceny śródokresowej wynosi: 5000 pln,- zł (brutto-brutto), po ocenie śródokresowej wynosi 6500 pln (brutto-brutto) przez 24 miesięcy. 

Zasady rekrutacji do szkół doktorskich Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu w roku akademickim 2025/2026 zgodnie z Uchwałą nr 46/2024/2025 Senatu UAM z dnia 27 stycznia 2025 r.