Męsko-specyficzne mikroRNA Marchantia polymorpha: kluczowe regulatory spermatogenezy i wydajności rozmnażania płciowego - kierownik projektu dr Halina Pietrykowska

Opis Szkoły

Szkoła Doktorska Nauk Przyrodniczych UAM proponuje kandydatom i kandydatkom kształcenie, w którym badania naukowe i nauka zgłębiane są zarówno w wymiarze międzynarodowym, jak i krajowym oraz regionalnym. Uczelnia stale aktualizuje i poszerza swoje programy badawcze i treści kształcenia, kładąc szczególny nacisk na ich interdyscyplinarny charakter.

Dyscyplina: nauki biologiczne

Opis projektu

Spermatogeneza to złożony proces prowadzący do powstania funkcjonalnych plemników, ściśle regulowany na poziomie transkrypcyjnym i posttranskrypcyjnym. Jednym z kluczowych mechanizmów tej regulacji są mikroRNA (miRNA) – krótkie niekodujące RNA, które modulują ekspresję genów poprzez oddziaływanie z docelowymi mRNA. U roślin rola miRNA w spermatogenezie pozostaje w dużej mierze niezbadana, szczególnie w kontekście męsko-specyficznych miRNA kodowanych na chromosomach płciowych. Modelowy organizm Marchantia polymorpha, wątrobowiec o dobrze scharakteryzowanym genomie i wyraźnym dymorfizmie płciowym, stanowi idealny układ do badań nad miRNA regulującymi rozwój plemników.

Celem projektu jest identyfikacja i funkcjonalna charakterystyka nowych, męsko-specyficznych miRNA w M. polymorpha oraz określenie ich roli w regulacji spermatogenezy i sukcesu reprodukcyjnego. Projekt skupia się na odkrywaniu miRNA dotychczas niezidentyfikowanych, ich docelowych mRNA oraz mechanizmów molekularnych, które wpływają na jakość i funkcję plemników.

Zadaniami przewidzianymi w projekcie są:

1. Identyfikacja nowych męsko-specyficznych miRNA na podstawie danych sRNA-seq i ich walidacja eksperymentalna (northern blot, degradom, 5’ RACE).

2. Predykcja i potwierdzenie docelowych mRNA dla wybranych miRNA oraz analiza ich ekspresji i funkcji.

3. Generowanie i fenotypowa charakterystyka mutantów CRISPR/Cas9 dla wybranych miRNA oraz ich targetów (KO i OE).

4. Analiza transkryptomiczna (RNA-seq), proteomiczna (ESI-MS/MS) oraz morfologiczna (mikroskopia TEM/SEM) plemników roślin WT i mutantów.

Projekt dostarczy nowych informacji na temat nieznanych dotąd miRNA specyficznych dla plemników kodowanych na chromosomie płciowym oraz funkcji tych miRNA w kontroli genów kluczowych dla spermatogenezy. Wyniki przyczynią się do lepszego zrozumienia mechanizmów posttranskrypcyjnej regulacji rozwoju plemników u roślin i pozwolą zidentyfikować ewolucyjnie konserwowane moduły regulacyjne, istotne również w szerszym kontekście biologii rozrodu.

WYMAGANE UMIEJĘTNOŚCI KANDYDATA:

Kandydat zostanie wybrany spośród studentów, którzy ukończyli studia magisterskie z biologii, biotechnologii lub bioinformatyki w zakresie nauk przyrodniczych i zostanie przyjęty do Szkoły Doktorskiej. Brani pod uwagę będą zarówno kandydaci z Polski, jak i z zagranicy. Poszukujemy osoby silnie zmotywowanej i pracowitej, posiadającej podstawową wiedzę z biologii molekularnej i genetyki. Kandydat zostanie wyłoniony w drodze otwartego konkursu, zgodnie z zasadami Narodowego Centrum Nauki. Idealny kandydat powinien znać podstawowe techniki biologii molekularnej, takie jak izolacja RNA i DNA, PCR, RT-qPCR, Western blot, technologia CRISPR/Cas9 oraz podstawowe analizy bioinformatyczne. Preferowane będzie doświadczenie z mszakami, takimi jak mchy i wątrobowce, a także znajomość pracy z Arabidopsis. Doktorant będzie miał dostęp do całej niezbędnej infrastruktury i w razie potrzeby zostanie przeszkolony z obsługi wymaganych urządzeń. Głównym celem pracy doktoranta będzie scharakteryzowanie roli nowych, męsko-specyficznych mikroRNA w spermatogenezie. W ramach projektu przeprowadzone zostaną eksperymenty 5’ RACE w celu potwierdzenia wybranych celów regulacji przez miRNA, a także 5’ RLM-RACE i 3’ RACE w celu opisania genów kodujących te miRNA. Doktorant scharakteryzuje również mutanty CRISPR/Cas9 zarówno dla genów docelowych, jak i miRNA. Dodatkowo doktorant przygotuje rozprawę doktorską i będzie uczestniczyć w przygotowaniu manuskryptów do publikacji. Doktorant będzie reprezentować zespół badawczy na konferencjach naukowych, prezentując plakaty i/lub wygłaszając prezentacje ustne. 

Kierownik projektu dr Halina Pietrykowska GRANT - NCN 2024/55/D/NZ3/01945

Rekrutacja

Komisja Rekrutacyjna  

Harmonogram rekrutacji:

Opłata rekrutacyjna

Opłata rekrutacyjna do szkoły doktorskiej wynosi 300 zł.

Forma postępowania kwalifikacyjnego: jednoetapowa

Język postępowania kwalifikacyjnego, w tym rozmowy kwalifikacyjnej

Język polski lub języku angielskim. 

Wymagane dokumenty  

Osoba ubiegająca się o przyjęcie do Szkoły Doktorskiej rejestruje się w systemie IRK (Internetowa Rejestracja Kandydata) i składa dokumenty w formie elektronicznej.

Kandydat zobowiązany jest do:  

1) wypełnienia formularza rejestracyjnego i załączenia zdjęcia w wersji elektronicznej o wymiarach 20 mm x 25 mm w rozdzielczości co najmniej 300 dpi; 

2) określenia dyscypliny naukowej, w ramach której kandydat będzie przygotować rozprawę doktorską w szkoły doktorskiej; 

3) wyrażenia zgody na przetwarzanie danych osobowych na potrzeby rekrutacji; 

4) załączenia CV; 

5) załączenia listu motywacyjnego wraz ze wskazaniem dyscypliny naukowej, w której kandydat chciałby uzyskać stopień naukowy doktora; 

6) załączenia skanu odpisu dyplomu ukończenia studiów wyższych wraz z suplementem do dyplomu, potwierdzającego uzyskanie kwalifikacji na poziomie 7. Polskiej Ramy Kwalifikacji, a w przypadku absolwentów z roku akademickiego 2024/2025, którym nie został wydany jeszcze dyplom, zaświadczenia o uzyskaniu kwalifikacji na poziomie 7. Polskiej Ramy Kwalifikacji wraz z informacją na temat przebiegu studiów, z zastrzeżeniem ust. 3; 

7) załączenia oświadczenia o udokumentowanych osiągnięciach oraz dokumentów potwierdzających te osiągnięcia (w przypadku dokumentów w języku innym niż polski i angielski należy dołączyć tłumaczenie); należy wskazać osiągnięcia podlegające ocenie:

      a) w liczbie do 3 – w przypadku osiągnięć naukowych;

      b) w liczbie do 3 – w przypadku innych osiągnięć - zgodnych z kryteriami, o których mowa w § 11. 

8) załączenia propozycji autorskiego projektu badawczego, a w przypadku rekrutacji w związku z realizacją projektu badawczego – autorskiej koncepcji realizacji projektu grantowego, wraz z bibliografią (do 8 stron standardowego maszynopisu, maks. 15 000 znaków ze spacjami);

 9) załączenia podania o przyjęcie do szkoły doktorskiej, pobranego z systemu IRK;   

10) wniesienia opłaty rekrutacyjnej.    

 

  Osoby, które uzyskały niezbędne wykształcenie poza terenem Rzeczypospolitej Polskiej, składają dodatkowo: 

       1) skan dokumentu poświadczającego wykształcenie – dyplom z suplementem studiów pierwszego stopnia (Bachelor degree) i dyplom z  suplementem studiów drugiego stopnia (MSc, MA) w języku oryginalnym i w poświadczonym tłumaczeniu na język angielski lub na język polski; 
       2) skan paszportu w przypadku cudzoziemców. 

Kryteria oceny

W postępowaniu rekrutacyjnym uwzględnia się:  

1) co najmniej bardzo dobrą lub równoważną ocenę z dyplomu studiów drugiego stopnia albo jednolitych magisterskich (5 pkt.); w przypadku kandydatów, którzy ubiegają się o przyjęcie na podstawie najwyższej jakości osiągnięć naukowych (np. przyznanie grantu w ramach konkursu „Perły Nauki”) kandydatowi przyznaje się 5 pkt.; 

2) ocenę maksimum trzech udokumentowanych osiągnięć naukowych kandydata, zgodnych ze szczegółowymi kryteriami osiągnięć kandydata, załączonych podczas elektronicznej rejestracji w systemie IRK; nie więcej niż 20 pkt.; 

3) inną udokumentowaną działalność kandydata, na podstawie wskazanych przez kandydata maksimum trzech osiągnięć zgodnych ze szczegółowymi kryteriami osiągnięć kandydata dla danej dyscypliny; nie więcej niż 5 pkt.; 

4) wynik rozmowy kwalifikacyjnej, przy czym zakres rozmowy kwalifikacyjnej obejmuje:

a) wiedzę oraz kompetencje kandydata istotne dla planowanych badań, w tym również właściwe dla wskazanej dyscypliny naukowej,

b) elementy metodologii badań właściwe dla wskazanej dyscypliny; za rozmowę kwalifikacyjną można otrzymać nie więcej niż 50 pkt.; maksymalny czas trwania rozmowy kwalifikacyjnej może wynieść 30 minut. 

5) ocenę przygotowanego na potrzeby rekrutacji projektu badawczego, a w przypadku rekrutacji w związku z realizacją projektu badawczego – autorskiej koncepcji realizacji projektu grantowego,(nie więcej niż 20 pkt.) ze szczególnym uwzględnieniem: 

a) umiejętności sformułowania celu badań oraz przedstawienia problemu badawczego;

b) oryginalności pomysłu badawczego oraz umiejętności doboru sposobu rozwiązania problemu badawczego; 

c) metodologii właściwej dla wskazanej dyscypliny; 

d) znajomości stanu badań wraz z podstawową bibliografią;

e) znaczenia projektu dla rozwoju wskazanej dyscypliny.   

Warunki przyjęcia do szkoły doktorskiej  

Maksymalna liczba punktów to 100 punktów. Warunkiem przyjęcia do szkoły doktorskiej jest znalezienie się na liście rankingowej, w obrębie limitu miejsc dla danej dyscypliny naukowej i uzyskania minimum 60 punktów z całości postępowania kwalifikacyjnego.  

Program kształcenia

Kształcenie w szkole doktorskiej trwa 8 semestrów. Kształcenie prowadzone jest na podstawie ramowego planu kształcenia oraz indywidualnego planu badawczego i kończy się złożeniem rozprawy doktorskiej.

Ramowy plan kształcenia w szkole doktorskiej obejmuje katalog modułów zajęć obowiązkowych, obowiązkowych do wyboru i fakultatywnych wraz z:

1)    określeniem ich harmonogramu

2)    sposobem ich realizacji

3)    weryfikacją efektów uczenia się.

Rozpoczęcie kształcenia w dniu 1 października 2025 roku. 

Promotorzy

Doktorant pracuje pod kierunkiem promotora lub promotorów albo promotora i promotora pomocniczego, którzy będą wyznaczeni w terminie 3 miesięcy od rozpoczęcia kształcenia w szkole doktorskiej.

Stypendia

Wysokość stypendium do oceny śródokresowej wynosi: 5000 pln,- zł (brutto-brutto), po ocenie śródokresowej wynosi 6500 pln (brutto-brutto) przez 12 miesięcy. 

Zasady rekrutacji do szkół doktorskich Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu w roku akademickim 2025/2026 zgodnie z Uchwałą nr 46/2024/2025 Senatu UAM z dnia 27 stycznia 2025 r.