Ścieżka związana z translacją i aktywowane retrotranspozony jako podłoże choroby neurodegeneracyjnej ALS skorelowanej z mutacjami w genie FUS - kierownik prof. UAM dr hab. Katarzyna Raczyńska

Konkurs do projektu w ramach dodatkowej puli miejsc do Szkoły Doktorskiej Nauk Przyrodniczych UAM w dyscyplinie: nauki biologiczne

Opis projektu

 Celem projektu jest wyjaśnienie molekularnego podłoża choroby neurodegeneracyjnej stwardnienie zanikowe boczne (ALS, ang. Amyotrophic Lateral Sclerosis), związanej z mutacją w genie FUS (ang. Fused in Sarcoma) (zwaną dalej ALS-FUS). Wykorzystując komórki pochodzące od pacjenta z ALS-FUS spróbujemy odpowiedzieć na pytanie, czy zwiększony poziom retrotranspozonu LINE-1 jest czynnikiem wywołującym neurodegenerację w ALS. 

Zaburzenia związane z podwyższonym poziomem retrotranspozonów zaobserwowano już wcześniej w modelowych liniach komórkowych SH-SY5Y typu knockout (FUS KO) i komórkach z wprowadzą mutacją punktową w genie FUS związaną z ALS (R495X). W komórkach tych zaobserwowano też obniżony poziom białka PIWIL1, co z kolei może wiązać się z zaburzeniami dojrzewania piRNA (PIWI-interacting RNAs) - cząsteczek, które biorą udział w wyciszaniu ekspresji genów retrotranspozonowych. Retrotranspozony są źródłem uszkodzeń DNA pojawiających się w neurodegeneracji i mogą aktywować stan neurozapalenia. Powyższe dane skłaniają do zadania następujących pytań: 

• Czy mutacje FUS związane z ALS aktywują ekspresję retrotranspozonu LINE-1?

• Czy regulacja ekspresji PIWIL1 przez FUS jest zaburzona w ALS i jakie są tego konsekwencje? 

• Czy FUS bierze udział w dojrzewaniu piRNA razem z białkami PIWI i czy mutacje związane z ALS mogą zaburzać ten proces? 

• Czy neurozapalenie może wynikać ze stymulacji receptorów odporności wrodzonej przez nadmiernie eksprymowane retrotranspozony?

W niniejszym projekcie wykorzystamy jako model badawczy indukowane pluripotentne komórki macierzyste (iPSCs, ang. induced pluripotent stem cells) odróżnicowane z fibroblastów pochodzących od pacjenta z ALS z mutacją FUS P525L i ich izogeniczną kontrolę. Komórki iPSC będą następnie różnicować do kilku typów komórek nerwowych: komórek progenitorowych neuronów, neuronów ruchowych i astrocytów. Wymienione typy komórek stanowią dobre modele badawcze odzwierciedlające fenotyp choroby, ponieważ fenotyp ALS dotyczy głównie komórek nerwowych. 

Dotychczas nie opisano związku między mutacjami ALS-FUS, aktywacją retrotranspozonów i neurozapaleniem, ale dostępne dane wstępne sugerują, że taka korelacja istnieje w komórkach nerwowych. Odpowiedź na pytania przedstawione w tym projekcie mogą przyczynić się do zrozumienia neurodegeneracji w ALS-FUS związanej z nadekspresją retrotranspozonów.

Kierownik projektu: prof. UAM dr hab. Katarzyna Dorota Raczyńska - NCN OPUS 2023/49/B/NZ5/01976

Rekrutacja

Komisja Rekrutacyjna

Harmonogram rekrutacji:

Opłata rekrutacyjna

Opłata rekrutacyjna do szkoły doktorskiej wynosi 300 zł.

Forma postępowania kwalifikacyjnego

Język postępowania kwalifikacyjnego, w tym rozmowy kwalifikacyjnej

Język polski lub języku angielskim. 

Wymagane dokumenty  

Osoba ubiegająca się o przyjęcie do Szkoły Doktorskiej rejestruje sie w systemie IRK (Interentowa Rejestracja Kandydata) i składa dokumenty w formie elektronicznej.

Kandydat zobowiązany jest do:  

1)     wypełnienia formularza rejestracyjnego i załączenia zdjęcia w wersji elektronicznej o wymiarach 20 mm x 25 mm w rozdzielczości co najmniej 300 dpi;

2)     określenia dyscypliny naukowej, w której kandydat będzie odbywał kształcenie w szkole doktorskiej;

3)     wyrażenia zgody na przetwarzanie danych osobowych na potrzeby rekrutacji;

4)     wprowadzenia wyników z egzaminów dyplomowych;

5)     załączenia CV;

6)     załączenia skanu listu motywacyjnego podpisanego odręcznie wraz ze wskazaniem dyscypliny naukowej, w której kandydat chciałby uzyskać stopień naukowy doktora;

7)     załączenia skanu odpisu dyplomu ukończenia studiów wyższych, potwierdzającego uzyskanie kwalifikacji na poziomie 7. Polskiej Ramy Kwalifikacji, a w przypadku absolwentów z roku akademickiego 2023/2024, którym nie został wydany jeszcze dyplom, zaświadczenia o uzyskaniu kwalifikacji na poziomie 7. Polskiej Ramy Kwalifikacji. W przypadku kandydatów, którzy ubiegają się o przyjęcie do szkoły doktorskiej na podstawie najwyższej jakości osiągnięć naukowych wymagany jest odpowiednio: dla absolwentów studiów pierwszego stopnia dyplom ukończenia tych studiów wraz z suplementem a dla studentów po ukończonym 3 roku jednolitych studiów magisterskich zaświadczenie o uzyskanej średniej studiów z lat 1-3 wraz z kartą przebiegu studiów;

8)     załączenia skanu podpisanego odręcznie oświadczenia o niepodjęciu kształcenia w innej szkole doktorskiej oraz o nieposiadaniu stopnia doktora;

9)     załączenia skanu podpisanego odręcznie oświadczenia o udokumentowanych osiągnięciach oraz dokumentów potwierdzających te osiągnięcia  (tłumaczenie na język polski lub angielski)  należy wskazać osiągnięcia podlegające ocenie:

a)  w liczbie do 3 – w przypadku osiągnięć naukowych;

b)  w liczbie do 3 – w przypadku innych osiągnięć

- zgodnych z kryteriami, o których mowa w § 10.

10) załączenia skanu podpisanej odręcznie propozycji autorskiego projektu badawczego a w przypadku rekrutacji w związku z realizacją projektu badawczego – autorskiej koncepcji realizacji projektu grantowego, wraz z bibliografią (do 8 stron standardowego maszynopisu, maks. 15 000 znaków ze spacjami);

11) załączenia skanu pobranego z systemu IRK podpisanego odręcznie podania o przyjęcie do szkoły doktorskiej;

       12) wniesienia opłaty rekrutacyjnej,

 

  Osoby, które uzyskały niezbędne wykształcenie poza terenem Rzeczypospolitej Polskiej, składają dodatkowo: 

• potwierdzoną za zgodność z oryginałem kserokopię dokumentu poświadczającego wykształcenie – dyplom z suplementem studiów pierwszego stopnia (Bachelor degree) i dyplom z suplementem studiów drugiego stopnia (MSc, MA) w języku oryginalnym i w poświadczonym tłumaczeniu na język angielski lub na język polski;
• kserokopię paszportu.

Kryteria oceny

W postępowaniu rekrutacyjnym uwzględnia się:

 1)     ocenę z dyplomu studiów drugiego stopnia, jednolitych magisterskich, nie więcej niż 10 pkt; w przypadku kandydatów, którzy ubiegają się o przyjęcie na podstawie najwyższej jakości osiągnięć naukowych („Perły Nauki”), 10 pkt;

 2)     ocenę dotychczasowej aktywności naukowej oraz osiągnięć naukowych kandydata; kandydat wskazuje do oceny maksymalnie trzy udokumentowane osiągnięcia naukowe, zgodne z kryteriami osiągnięć kandydata przyjętymi przez komisję rekrutacyjną dla danej dyscypliny; nie więcej niż 15 pkt;

 3)     inną udokumentowaną działalność kandydata, na podstawie wskazanych przez kandydata maksimum trzech osiągnięć zgodnych z kryteriami osiągnięć kandydata przyjętymi przez komisję rekrutacyjną dla danej dyscypliny, nie więcej niż 5 pkt;

 4)     wynik rozmowy kwalifikacyjnej, przy czym zakres rozmowy kwalifikacyjnej obejmuje:

 a)     wiedzę oraz kompetencje kandydata istotne dla planowanych badań oraz właściwe dla wskazanej dyscypliny naukowej,

 b)     elementy metodologii badań właściwe dla wskazanej dyscypliny.

 Za rozmowę kwalifikacyjną można otrzymać nie więcej niż 50 pkt; maksymalny czas trwania rozmowy kwalifikacyjnej może wynieść 30 minut.

 5)     ocenę przygotowanego na potrzeby rekrutacji projektu badawczego (nie więcej niż 20 pkt), ze szczególnym uwzględnieniem:

 a)     umiejętności sformułowania celu badań oraz przedstawienia problemu badawczego;

 b)     pomysłu badawczego oraz umiejętności zaproponowania sposobu rozwiązania;

 c)     metodologii właściwej dla wskazanej dyscypliny;

 d)     znajomości stanu badań wraz z podstawową bibliografią.

Warunki przyjęcia do szkoły doktorskiej

Maksymalna liczba punktów to 100 punktów. Warunkiem przyjęcia do szkoły doktorskiej jest znalezienie się na liście rankingowej, w obrębie limitu miejsc dla danej dyscypliny naukowej i uzyskania minimum 60 punktów z całości postępowania kwalifikacyjnego.

Program kształcenia

Kształcenie w szkole doktorskiej trwa 8 semestrów. Kształcenie  prowadzone jest na podstawie ramowego planu kształcenia oraz indywidualnego planu badawczego i kończy się złożeniem rozprawy doktorskiej.

Ramowy plan kształcenia  w szkole doktorskiej obejmuje katalog modułów zajęć obowiązkowych, obowiązkowych do wyboru i fakultatywnych wraz z:

1)    określeniem ich harmonogramu

2)    sposobem ich realizacji

3)    weryfikacją efektów uczenia się.

Rozpoczęcie kształcenia w dniu 1 października 2024 roku. 

Promotorzy

Doktorant pracuje pod kierunkiem promotora lub promotorów albo promotora i promotora pomocniczego, którzy będą wyznaczeni w terminie 3 miesięcy od rozpoczęcia kształcenia w szkole doktorskiej.

Stypendia

Wysokość stypendium wynosi 5000 PLN brutto-brutto do oceny śródokresowej, po ocenie zwiększenie do 6259 PLN brutto-brutto